2. La mitologia greca dice anche che i minoici da Creta furono anche venuti all’ isola, guidati da Folegandros, uno dei figli del re Minosse, il cui nome ha preso l’ isola. Come dimostrato da fonti storiche, molti cretesi che furono perseguitati dalla loro patria,trovarono rifugio all'isola di Folegandros.

3. il nome dell'isola afferma che Folegandros deve il suo nome ai Fenici. Questi famosi mercanti del primo millennio aC sembrano aver usato l'isola come base e rada, quando viaggiarono nel Mar Egeo e nel Mediterraneo. Dopo aver osservato la geografia rocciosa e sassosa dell'isola, la chiamarono "phelekgundari", che nella loro lingua significò "terra di pietra". Poi, a causa di questa caratteristica, l'antico scrittore Aratos chiamò Folegandros "terra di ferro".

In seguito l’ isola passò sotto il dominio di Atene .
Reperti archeologici, anzitutto iscrizioni, dimostrano che l'isola fu colonizzata dai Dori alla fine del secondo millennio aC. Nel quinto secolo aC. Folegandros, nonostante l'origine dorica della sua popolazione, fu messa sotto la dominazione degli Ateniesi, le dominanti di tutto il Mar Egeo e il Mediterraneo orientale in questo periodo di tempo. Secondo un’ iscrizione trovata sull'isola, nel 425 , Folegandros 9 una tassa annuale di 2.000 dracme soffitta agli Ateniesi, mentre allo stesso tempo la vicina isola di Sikinos dovette pagare solo 1.000. Ciò è probabilmente a causa di che Folegandros non fu diventata un membro della Prima Alleanza Ateniese nel 478; ci fu incorporata molto più tardi .

Durante questo periodo di tempo a Folegandros, c'era il culto di Artemide Selasforos (Diana) e Apollo Prostaterios ("il protettore"). Diverse monete di rame datate nel 3° secolo aC sono state trovate sull'isola, rappresentando su un lato il principe Folegandros e sull’ altro un toro sacro. Dopo la sconfitta degli Ateniesi alla battaglia di Chaeronia nel 338 aC, l'isola passò alla dominazione dei Macedoni e poi sotto il dominio dei successori dell’ Alessandro Magno. A causa della posizione remota dell'isola, i romani, che ebbero seguito i Macedoni, usarono l'isola come un luogo d'esilio.
Poi, durante il periodo bizantino, Folegandros ebbe il destino di tutte l’ altre isole delle Cicladi. Ci sono solo poche informazioni disponibili su questo periodo.
Sappiamo è che l'isola era un Esarcato del Patriarcato di Costantinopoli, fino alla metà del 17° secolo, quando iniziò a far parte dell' arcidiocesi di Sifnos. Nel 1204, dopo che i Franchi ebbero conquistato Costantinopoli, Folegandros fu dominata dai Veneziani. Il Veneziano Marco Sanudo divenne dominante dell 'isola, come nella maggior parte delle isole centrali del Mar Egeo, e fondò il ducato di Naxos, come si chiamava allora. Sanudo era un buon governatore, abbastanza tollerante verso la gent. Accettò e confermò la libertà religiosa dei residenti e questo l’ ha reso popolare e molto rispettato. Inoltre, Sanudo costruì un castello intorno al villaggio, verso il mare, per proteggere la popolazione dagli attacchi dei pirati. Nel 1269, il ammiraglio bizantino Licarius prese possesso di alcune delle isole Cicladi; Folegandros fu una di loro. I Bizantini mantennero le isole fino al 1307, quando furono conquistate dagli spagnoli, sotto la guida di Giannoulis Dacoronia.
Nel corso del 18° secolo l'isola prosperò grazie alle attività commerciali; in questo periodo consoli degli Stati europei furono nominati all’ l'isola. Dopo il 1770 Folegandros fu conquistata dai russi per quattro anni, fino alla fine della guerra tra Russi e Ottomani nel 1774, quando gli Ottomani vinsero. Gli Ottomani dominarono l'isola fino alla fine della rivoluzione greca del 1821, quando l'isola fu liberata e incorporata al nuevo stato greco.
Una caratteristica della storia dell'isola è che durante il 20° secolo, Folegandros servì di nuovo come un luogo per inviare i esuli politici, esattamente come successe durante la dominazione romana circa duemila anni fa. Fino al 1970 l'isola, insieme a diverse altre parti della Grecia, subì una notevole riduzione della popolazione, dovuta alla migrazione dei residenti. Negli ultimi decenni, le cose a Folegandros sono cambiate, grazie al turismo.

Nonostante lo sviluppo turistico , Folegandros non ha perso il suo carattere e la sua originalità.