1. l'île était habitée pour la première fois par bergers. Évidemment , tous les bergers étaient des hommes et donc l'île a été appelé "Polyandros" (ce qui signifie en grec "avec beaucoup d'hommes"). Cet nom ancien a été maintenue pendant une longue période et les marines l'appelaient "Polykandro". Historiquement, les premiers colons de l'île semblent avoir été les Cariens qui venaient là, à partir de l'Asie Mineure.
2. Mythologie grecque dit aussi que Minoens de Crète, dirigé par Folegandros, un des fils du roi Minos est venu à l'île. Il est après lui que l'île a donné son nom. Comme il est démontré par les sources historiques, en fait, plusieurs Crétois qui étaient persécutés dans leur patrie, ont trouvé refuge sur l'île de Folegandros .
3. Le nom de l'île indique que Folegandros doit son nom aux Phéniciens. Ces marchands célèbres du début du 1er millénaire avant JC semblent avoir utilisé l'île comme base et la rade quand ils se sont rendus dans la mer Egée et de la Méditerranée. Ayant observé la géographie rocheux et caillouteux de l'île, ils l'ont appelé «phelekgundari», qui dans leur langue signifie «terre pierreuse".

Plus tard, Folegandros est venu sous le rule athénienne. Les découvertes archéologiques, principalement des inscriptions , montrent que l' île a été colonisée par les Doriens à la fin de la 2 ème millénaire avant JC. Dans la 5 ème siècle, l' île a été mis sous la domination des Athéniens, les dominantes de l'ensemble de la mer Égée et de la Méditerranée orientale dans cette période de temps. Selon une inscription trouvée dans l'île, en 425, gue l' île de Folegandros payait une taxe annuelle de 2.000 drachmes aux Athéniens, tandis que dans le même temps l'île voisine de Sikinos a dû payer seulement 1.000 drachmes. Probablement, cela est dû au fait que Folegandros n'a pas devenir un membre de la Première Alliance d'Athènes en 478; il a été incorporé à beaucoup plus tard .

Pendant cette période de temps à Folegandros il y avait le culte d'Artémis Selasforos (Diana) et Apollo Prostaterios ("le protecteur"). Plusieurs pièces de monnaie en cuivre et datées dans le 3 ème et 2 ème siècles avant JC ont été trouvés sur l'île , portant sur ​​une face que le prince Folegandros et de l'autre un taureau sacré. Après la défaite des Athéniens en 338 avant JC, l'île est passé à la domination Macédonienne, à la domination des successeurs d'Alexandre le Grand. En raison de l'isolement de l'île, les Romains, qui ont réussi les Macédoniens, ont utilisé l'île comme un lieu d'exil.

Plus tard, au cours de la période byzantine, Folegandros avait le destin du reste des Cyclades.
Tout ce que nous savons est que l'île était un Exarchat du Patriarcat de Constantinople, jusqu'à la mi-de 17e siècle, quand il est devenu une partie de l'archidiocèse de Sifnos. En 1204, après que les Francs ont conquis Constantinople, elle a été dominée par les Vénitiens. Le Vénitien Marco Sanudo est devenue la dominante de l'île, ainsi que de la plupart des îles de la mer Égée centrale, et fonda le duché de Naxos, ou Duché de l'Archipel, comme on l'appelait. Sanudo était un bon gouverneur, assez tolérante à la population locale. Il a accepté et confirmé la liberté religieuse des habitants, qui l'a rendu populaire et très respecté. Parmi les autres, Sanudo construit un château dans le village, sur la partie de la mer, de protéger la population contre les attaques de pirates, assez commun dans ces temps.

En 1269, l'amiral byzantin Licarius a pris possession de certaines des îles des Cyclades; Folegandros était l'un d'eux. Les Byzantins gardé les îles jusqu'en 1307, quand ils ont été conquis par les Espagnols, sous la direction de Giannoulis Dacoronia. Au cours de la 18 ème siècle, l'île a prospéré grâce à des activités commerciales; dans cette période consuls des Etats européens ont été nommés à l'île. Après 1770 Folegandros a été conquisé par les Russes pendant quatre ans, jusqu'à la fin de la guerre entre les Russes et les Ottomans en 1774, lorsque les Ottomans l'ont repris. Les Ottomans dominèrent l'île jusqu'à la fin de la révolution grecque de 1821, lorsque l'île a été libérée et incorporé au jeune État grec. Une caractéristique tout à fait de l'histoire de l'île est que lors de la 20 ème siècle, Folegandros est redevenu un lieu d'envoyer les exilés politiques, exactement comme il était arrivé au cours de la domination romaine il y a environ deux mille ans. Jusqu'en 1970 l'île, avec plusieurs autres parties de la Grèce, a subi une réduction considérable de sa population, en raison de la migration des résidents. Les choses ont changé à Folegandros, grâce au tourisme.